No ano de 2008, a Pró-reitoria de Extensão e Cultura (PR-3), em parceria com o Departamento de Extensão (DEPEXT), a Diretoria de Informática (DINFO) e o Rede Sirius de Bibliotecas da Universidade do Estado do Rio de Janeiro (Rede Sirius), propôs aos editores das revistas de extensão a criação deste portal para que as publicações passassem a ser veiculadas eletronicamente, utilizando-se o Open Journal Systems (OJS), disponibilizado pela Public Knowledge Project (PKP) traduzido e disseminado no Brasil pelo Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia (IBICT). Em 2012 foi acordado com a Pró-reitoria de Pós-graduação e Pesquisa (PR-2) que as revistas de Pós-graduação também poderão ser hospedadas neste portal, sob a administração do DEPEXT.
O Portal de Publicações Eletrônicas da UERJ (e-Publicações UERJ) foi institucionalizado no ano de 2015 por meio do Ato Executivo 31/2015, a partir de 1º de março de 2016 foi vinculado à Editora da Universidade do Estado do Rio de Janeiro (EdUERJ), em virtude disso foi criada a Coordenadoria do Portal através do Ato Executivo 18/2019.
Sugere-se fortemente que as revistas sejam cadastradas como projeto de extensão junto ao DEPEXT, o cadastramento permite que o periódico concorra a bolsas de extensão e seja registrado como atividade extensionista elaborada pela UERJ. É necessário seguir os critérios de seleção contantes no documento "Edital ano XXX e normas complementares" na página Projetos.